Oberstes Gremium ist die Bildungsdirektoren-Konferenz Zentralschweiz (BKZ).
Zentrales Koordinationsorgan im operativen Bereich ist die Konferenz der Departementssekretäre der Zentralschweiz (DSKZ). Sie bereitet die Entscheidungen der BKZ vor und sorgt für deren Vollzug. Sie wird vom Regionalsekretär Peter Gähwiler geleitet.